ИСЭПН РАН активно участвует в интеграции научной и образовательной сфер, подготовке научных кадров высшей квалификации. В Институте функционирует Диссертационный совет. Проводятся групповые и индивидуальные занятия со студентами экономических специальностей ведущих вузов, организуется привлечение студентов и аспирантов к научной работе.
На базе ИСЭПН РАН и Московской школы экономики МГУ им. Ломоносова создан и успешно функционирует Учебно-научный центр, в котором научные сотрудники института читают лекции и знакомят студентов с передовыми достижениями российской и зарубежной науки.
Совместно с Рязанским институтом экономики – филиалом Санкт-Петербургского университета управления и экономики создан и работает научно-образовательный центр.
Научные сотрудники ИСЭПН РАН привлекаются к чтению лекций, а результаты НИР используются в образовательном процессе.